Als gevolg van de Pequot-oorlog van 1637 stonden de nederzettingen in New England open voor plannen ter versterking van de koloniale verdediging tegen de dreiging van aanvallen van indianen. Leiders in Hartford opperden het idee om een defensieve alliantie te vormen tussen gelijkgezinde nederzettingen in het gebied – een voorstel dat de Anglicaanse bewoners in Maine en de vrijdenkers van Rhode Island nadrukkelijk uitsloot. Na verscheidene jaren van onderhandelingen kwamen afgevaardigden van Connecticut, New Haven, Massachusetts Bay en Plymouth Colony in 1643 in Boston bijeen en vormden The United Colonies of New England, beter bekend als de New England Confederation. De organisatie zou bestaan uit twee afgevaardigden van elk van de vier aangesloten kolonies. Zes van de acht stemmen waren nodig om een maatregel goed te keuren. Er zouden regelmatig jaarlijkse vergaderingen worden gehouden, maar in noodgevallen konden extra conferenties worden bijeengeroepen. De aangesloten kolonies werden niet alleen gemotiveerd om zich aan te sluiten uit angst voor Indianenaanvallen, maar ook vanwege de dreiging van de Nederlanders in Nieuw-Nederland en de Fransen in Canada. Men hoopte ook dat de Confederatie oplossingen zou zoeken voor een aantal netelige grenskwesties. De Confederatie was niet bedoeld als een centrale regering voor de kolonies in New England; elk behield zijn eigen bestuursinstellingen.De Confederatie had onder meer de volgende bevoegdheden:

• Lidkoloniën opbrengen voor de kosten van verdediging; evenredige bijdragen werden geheven op het aantal mannen, in de leeftijd van 16 tot 60 jaar, dat in elke kolonie verbleef.
• Lidkoloniën verplichten mee te werken aan de terugkeer van voortvluchtigen en weggelopen slaven. Deze laatste eis liep vooruit op de voortvluchtige slavenwetten van latere tijden.

Massachusetts Bay, de grootste van de koloniën, ontdekte al snel dat er te veel gezag was afgestaan aan de kleinere buren. Als gevolg daarvan negeerde de Bay Colony, wanneer zij voor een impopulaire beslissing van de Confederatie stond, eenvoudigweg de instructie. De Connecticut-nederzettingen leefden in de schaduw van de Nederlanders in Nieuw-Nederland en verkregen de nodige stemmen voor deelname aan het Engels-Nederlandse conflict van de jaren 1650. Het afgelegen Massachusetts Bay weigerde de oproep tot actie te honoreren. Het is dan ook niet verwonderlijk dat de invloed van de confederatie vanaf dat moment sterk afnam, maar een korte opleving vond plaats tijdens het bittere conflict van de Filipsoorlog (1675-76).De oorspronkelijke Articles of Confederation of the United Colonies of New England, gedateerd 19 mei 1643, bevatte als tweede sectie:

2. De genoemde Verenigde Koloniën voor zichzelf en hun nageslacht gaan hierbij gezamenlijk en hoofdelijk een vaste en eeuwigdurende bond van vriendschap en vriendschap aan voor aanval en verdediging, wederzijds advies en hulp bij alle gerechtvaardigde gelegenheden zowel voor het behoud en de verspreiding van de waarheid en vrijheden van het Evangelie als voor hun eigen wederzijdse veiligheid en welzijn.