Site-ul Sinodului Missouri identifică trei domenii principale de diferență între Biserica Luterană Missouri Synod (LCMS) și Biserica Evanghelică Luterană din America (ELCA):
1.Doctrina și autoritatea Scripturii – LCMS crede că Biblia este fără eroare în tot ceea ce spune. ELCA evită să facă astfel de afirmații, susținând că Scriptura nu este neapărat întotdeauna exactă în chestiuni precum istoria și știința. Diferențele dintre LCMS și ELCA cu privire la autoritatea Scripturii contribuie, de asemenea, la explicarea motivelor pentru care LCMS nu hirotonește femei (pe baza 1 Corinteni 14:33-36, 1 Timotei 2:11-14), consideră comportamentul homosexual ca fiind contrar voinței lui Dumnezeu (Romani 1:18-28, 1 Corinteni 6:9) și nu permite hirotonirea homosexualilor practicanți.
2.Angajamentul față de scrierile confesionale luterane – ELCA, în timp ce își afirmă angajamentul față de Evanghelia lui Isus Hristos, așa cum este mărturisită în confesiunile luterane, tinde, de asemenea, să sublinieze caracterul istoric al acestor scrieri și să mențină posibilitatea disidenței față de pozițiile confesionale care nu se referă direct la Evanghelia însăși înțeleasă într-un sens restrâns. Toți pastorii LCMS, pe de altă parte, sunt obligați să afirme că confesiunile luterane sunt o explicație corectă a învățăturilor Scripturii.
3.Nivelul de acord necesar pentru a ne uni într-un singur corp bisericesc – În timp ce LCMS consideră că Biblia cere un acord în tot ceea ce învață Biblia, ELCA susține că dezacordul în unele chestiuni de doctrină, cum ar fi modul de prezență a lui Hristos în Sfânta Împărtășanie, nu interzic comuniunea bisericească.
Și în ceea ce privește Sinodul evanghelic luteran din Wisconsin (WELS), Sinodul Missouri identifică aceste diferențe din perspectiva sa:
1.Înțelegerea biblică a părtășiei – WELS are ceea ce numește un „concept unitar” al părtășiei, care acoperă orice expresie, manifestare și demonstrație comună a unei credințe comune. LCMS consideră că părtășia bisericească este posibilă pe diferite niveluri, de exemplu, părtășia în rugăciune (care nu necesită un acord doctrinar deplin) este posibilă chiar și atunci când părtășia la altar și la amvon (care necesită un acord doctrinar deplin) poate să nu fie posibilă.
2. Doctrina slujirii – Pentru LCMS, oficiul slujirii publice (oficiul pastoral), conform Scripturii, este singurul oficiu stabilit în mod divin
în biserică, în timp ce biserica posedă libertatea de a crea alte oficii, prin instituție umană, din când în când, pentru a ajuta la îndeplinirea funcțiilor slujbei pastorale. Cu toate acestea, „Tezele despre Biserică și slujire” ale WELS neagă în mod expres faptul că slujirea pastorală este instituită în mod specific de către Domnul, spre deosebire de alte forme de slujire publică.
3. Rolul femeilor în biserică – În timp ce atât LCMS cât și WELS se opun cu tărie hirotonisirii femeilor în slujba pastorală din motive scripturale, LCMS a ajuns la concluzia că Scripturile nu interzic sufragiul femeii în biserică. WELS se opune sufragiului femeilor în biserică ca fiind contrar Scripturii.
.