Discursul dialectic al „genei” ca unitate de ereditate dedusă din fenotip, fie că este o variabilă care intervine sau o construcție ipotetică, părea să fie rezolvat odată cu prezentarea modelului molecular al ADN-ului: gena a fost redusă la o secvență de ADN care este transcrisă în ARN care este tradusă într-o polipeptidă; polipeptidele se pot plia în proteine care sunt implicate în metabolismul și structura celulară și, prin urmare, în funcție. Această cale s-a dovedit a fi cu atât mai deconcertantă cu cât reglementarea produselor și funcțiilor a fost descoperită în contextele sistemelor celulare integrate. Filozofii care se străduiau să definească un concept unificat al genei ca entitate de bază a geneticii (moleculare) s-au confruntat cu cei care sugerau mai multe „gene” diferite în funcție de cadrele conceptuale ale experimentaliștilor. Cercetătorii au considerat din ce în ce mai mult genele de facto ca fiind termeni generici pentru a descrie datele lor empirice, iar odată cu îmbunătățirea capacităților de secvențiere a ADN-ului, aceste entități erau, de regulă, secvențe de nucleotide de jos în sus care determină funcții. Abia recent, empiriștii au revenit la discutarea considerațiilor conceptuale, inclusiv la definițiile de sus în jos ale unităților funcționale care, prin mecanisme celulare, selectează secvențele de ADN care cuprind „amprentele genomice” ale entităților funcționale.

.