Multe specii bacteriene sunt mobile prin intermediul flagelului. Structura și implantarea flagelilor pare să fie legată de mediile specifice în care trăiesc celulele. În unele cazuri, bacteriile chiar își adaptează modelul de flagelare ca răspuns la condițiile de mediu pe care le întâlnesc. Diferențierea celulelor swarming este un exemplu remarcabil al acestui fenomen. Flagelul pare să aibă mai multe funcții decât aceea de a asigura doar motilitatea. Pentru multe specii patogene, au fost efectuate studii privind contribuția flagelului la virulență, dar rezultatul nu este clar în toate cazurile. În general, se acceptă că flagelii sunt factori importanți de virulență, iar în mai multe cazuri s-a demonstrat că expresia și reprimarea flagelării și virulența sunt legate. Asigurarea motilității este întotdeauna o caracteristică importantă a flagelului bacteriilor patogene, dar acestor flageli li s-au atribuit și proprietăți adezive și de altă natură. În colonizarea bacteriilor nepatogene, flagelii sunt, de asemenea, organite locomotive și adezive importante. În mai multe cazuri în care există concurență între mai multe specii bacteriene, s-a demonstrat că motilitatea prin intermediul flagelului oferă un avantaj specific pentru o bacterie. Această trecere în revistă oferă o imagine de ansamblu a studiilor care au fost efectuate cu privire la semnificația flagelării într-o mare varietate de procese în care sunt implicate bacterii flagelate.