Până la izbucnirea celui de-al Doilea Război Mondial, Challenger a supravegheat apele din jurul Regatului Unit, Labrador, Indiile de Vest și Indiile de Est. La 23 septembrie 1932, a lovit o stâncă la 6 mile marine (11 km) la nord de Ford’s Harbour, Labrador, în Dominion of Newfoundland (56°28′30″N 61°10′00″W / 56.47500°N 61.16667°W) și a eșuat. Ulterior a fost reflotată.

Din 1939 până în 1942 a servit în apele naționale și ca escortă de convoi. În iunie și iulie 1941, ea și trei corvete din clasa Flower au escortat nava de trupe Anselm din Marea Britanie în drum spre Freetown, Sierra Leone. Când nava de trupe a fost torpilată la nord de Azore, Challenger și corveta HMS Starwort au salvat sute de supraviețuitori și apoi i-au transferat pe crucișătorul comercial înarmat HMS Cathay.

Din 1942 până în 1946 Challenger a supravegheat în Oceanul Indian și în Pacificul de Vest. S-a întors la Chatham în 1946 pentru o reparație înainte de a se întoarce în Golful Persic la sfârșitul anului 1946. A părăsit Golful în 1947 și a mers în Cipru, unde o echipă de la țărm a înregistrat mareele. Apoi s-a îndreptat spre Gibraltar pentru o altă reparație în doc uscat.

În decembrie 1947, oameni de pe Challenger și de pe cele două distrugătoare Cockade și Contest au fost debarcați în Aden în încercarea de a restabili ordinea în urma revoltelor antievreiești.

A făcut înconjurul lumii între 1950 și 1953, care a inclus prospecțiuni în Indiile de Vest și Orientul Îndepărtat. În cadrul acestei misiuni, în 1951, Challenger a cercetat Groapa Marianelor de lângă Guam, inclusiv cel mai adânc punct cunoscut din oceane, cu o adâncime maximă de 11.033 metri (36.198 ft), în apropiere de 11°21′N 142°12′E / 11.350°N 142.200°E. Acest punct fusese numit Challenger Deep după ce a fost cercetat pentru prima dată în 1875, în timpul unei expediții efectuate de un fost HMS Challenger. În ianuarie 1954, Challenger s-a întors în Marea Britanie, a fost achitat și a fost dezmembrat la Dover.

.