În 1592 persecuția a fost reluată, iar mai mulți japonezi convertiți au primit coroana martirajului. Împăratul Tagcosama, unul dintre cei mai orgolioși și mai vicioși oameni, a fost stârnit în furie și gelozie de o suspiciune sugerată de anumiți negustori europeni dornici de monopolul acestui comerț, că scopul misionarilor de a predica credința creștină era de a facilita cucerirea țării lor de către portughezi sau spanioli.

Trei iezuiți și șase franciscani au fost răstigniți pe un deal lângă Nangasaqui în 1597. Aceștia din urmă erau în parte spanioli și în parte indieni și îl aveau în fruntea lor pe F. Peter Baptist, comisar al ordinului său, originar din Avila, în Spania. În ceea ce-i privește pe iezuiți, unul dintre ei era Paul Miki, un japonez nobil și un predicator eminent, la acea vreme în vârstă de treizeci și trei de ani. Ceilalți doi, John Gotto și James Kisai, au fost admiși în Societate în închisoare cu puțin timp înainte de a suferi. Mai mulți japonezi convertiți au suferit împreună cu ei. Martirii au fost în număr de douăzeci și șase, iar printre ei se aflau trei băieți care obișnuiau să-i slujească pe frați la slujbă; doi dintre ei aveau cincisprezece ani, iar al treilea doar doisprezece, însă fiecare a arătat o mare bucurie și constanță în suferințele lor. Dintre acești martiri, douăzeci și patru fuseseră aduși la Meaco, unde li s-a tăiat doar o parte din urechea stângă, printr-o atenuare a sentinței, care poruncise amputarea nasului și a ambelor urechi. Ei au fost conduși prin multe orașe și locuri publice, cu obrajii pătați de sânge, pentru a fi o teroare pentru ceilalți. Când cei douăzeci și șase de soldați ai lui Hristos au ajuns la locul execuției de lângă Nangasaqui, li s-a permis să se confeseze la doi iezuiți de la mănăstirea din acel oraș și, fiind legați de cruci cu funii și lanțuri la brațe și picioare și cu un guler de fier la gât, au fost ridicați în aer, piciorul fiecărei cruci căzând într-o gaură pregătită pentru aceasta în pământ. Crucile au fost plantate în șir, la o distanță de aproximativ un metru și jumătate, iar fiecare martir avea lângă el un călău cu o suliță pregătită să-i străpungă coasta; căci acesta este modul japonez de crucificare. De îndată ce toate crucile au fost plantate, călăii și-au ridicat sulițele și, la un semnal dat, toți i-au străpuns pe martiri aproape în aceeași clipă; după care aceștia au expirat și s-au dus să primească răsplata suferințelor lor. Sângele și veșmintele lor au fost procurate de creștini, iar miracolele au fost făcute de ei. Urban al VIII-lea i-a pus în rândul martirilor și sunt cinstiți la 5 februarie, ziua triumfului lor.

.