Bakgrund
Polen och Litauen gjorde båda anspråk på Vilna (Vilnius) efter första världskriget. Polska styrkor ockuperade Vilna 1920, och innan andra världskriget bröt ut var staden Vilna en del av nordöstra Polen.
I enlighet med villkoren i den tysk-sovjetiska pakten ockuperades Vilna, tillsammans med resten av östra Polen, av sovjetiska styrkor i slutet av september 1939. I oktober 1939 överförde Sovjetunionen Vilna-regionen till Litauen. Stadens befolkning uppgick vid denna tidpunkt till 200 000 personer, varav över 55 000 judar. Dessutom fann omkring 12 000-15 000 judiska flyktingar från det tyskockuperade Polen en fristad i staden. Sovjetiska styrkor ockuperade Litauen i juni 1940 och i augusti 1940 införlivade Vilna, tillsammans med resten av Litauen, med Sovjetunionen. Den 22 juni 1941 anföll Tyskland de sovjetiska styrkorna i Östeuropa. Den tyska armén ockuperade Vilna den 24 juni 1941, den tredje dagen efter invasionen.
Vilna ghetto
I juli 1941 utfärdade den tyska militäradministrationen en rad antijudiska dekret. Under samma månad dödade tyska Einsatzgruppen (mobila mördargrupper) med hjälp av litauiska hjälptrupper 5 000 judiska män i Ponary-skogen, åtta mil utanför Vilna. En tysk civil administration tog kontroll över Vilna i augusti 1941. I slutet av månaden dödade tyskarna ytterligare 3 500 judar vid Ponary.
Tyskarna upprättade två ghetton – ghetto nr 1 och ghetto nr 2 – i Vilna i början av september 1941. Judar som ansågs oförmögna att arbeta koncentrerades till ghetto nr 2. I oktober 1941 förstörde tyska Einsatzgruppe-delegationer och litauiska hjälptrupper ghetto nr 2 och dödade ghettobefolkningen i Ponary. Lukiszki-fängelset fungerade som en samlingsplats för judar som skulle föras till Ponary och skjutas. I slutet av 1941 hade Einsatzgruppen dödat omkring 40 000 judar i Ponary.
Judarna i ghetto nr 1 tvingades arbeta i fabriker eller i byggprojekt utanför ghettot. Vissa judar skickades till arbetsläger i Vilna-regionen. Vid periodiska avrättningsoperationer massakrerades de flesta av ghettots invånare i Ponary. Från våren 1942 till våren 1943 skedde inga massavrättningar i Vilna. Tyskarna återupptog dödandet under den slutliga likvideringen av ghetto nr 1 i slutet av september 1943. Barn, äldre och sjuka skickades till Sobibor eller sköts i Ponary. De överlevande männen skickades till arbetsläger i Estland, medan kvinnorna skickades till arbetsläger i Lettland.
Motstånd i Vilna-gettot
Vilna-gettot hade en betydande judisk motståndsrörelse. En grupp judiska partisaner, känd som Förenade partisanorganisationen (Fareynegte Partizaner Organizatsye; FPO), bildades 1942 och var verksam i ghettot. Motståndsrörelsen skapade gömställen för vapen och förberedde sig på att bekämpa tyskarna. I början av september 1943, när de insåg att tyskarna hade för avsikt att slutgiltigt förstöra gettot, bråkade motståndsrörelsens medlemmar med tyskarna, som hade tagit sig in i gettot för att påbörja deportationerna. Det judiska rådet gick dock med på att samarbeta vid deportationerna av judar från gettot i hopp om att minimera blodsutgjutelsen. FPO beslutade därför att fly till de närliggande skogarna för att bekämpa tyskarna. Några ghettokämpar undkom den slutliga förstörelsen av ghettot och lämnade genom avloppen för att ansluta sig till partisaner i skogarna Rudninkai och Naroch utanför staden.
I september 1943, i ett försök att förstöra bevisen för dödandet av judar i Ponary, tvingade tyskarna avdelningar av judiska arbetare att öppna massgravarna och bränna liken. Judar från närliggande arbetsläger fortsatte att dödas i Ponary.
Under den tyska ockupationen massakrerades tiotusentals judar från Vilna och dess omgivningar, liksom sovjetiska krigsfångar och andra som misstänktes vara motståndare till tyskarna, i Ponary. Sovjetiska styrkor befriade Vilna i juli 1944.