Az 1637-es pequot-háború eredményeként az új-angliai települések fogékonyak voltak az indián támadások fenyegetésével szembeni gyarmati védelem megerősítésére irányuló tervekre. Hartfordban a vezetők azt az ötletet terjesztették elő, hogy a térség hasonlóan gondolkodó települései védelmi szövetséget alakítsanak – ez a javaslat hangsúlyozottan kizárta a Maine-i anglikán lakosokat és a Rhode Island-i szabadgondolkodókat. 1643-ban többéves tárgyalások után Connecticut, New Haven, Massachusetts Bay és Plymouth Colony küldöttei Bostonban találkoztak, és megalakították az Új-Anglia Egyesült Gyarmatait, közismertebb nevén az Új-Angliai Konföderációt. A szervezetet a négy tagkolónia mindegyike két-két küldöttből állt volna. A nyolcból hat szavazatra volt szükség bármely intézkedés elfogadásához. Rendszeres éves gyűléseket kellett tartani, de vészhelyzet esetén további konferenciákat is össze lehetett hívni.A taggyarmatokat nemcsak az indiánok támadásától való félelem motiválta a csatlakozásra, hanem az új-németországi hollandok és a kanadai franciák által jelentett fenyegetések is. Azt is remélték, hogy a Konföderáció megoldást keres majd számos kényes határkérdésre.A Konföderáció nem volt hivatott központi kormányzatot alkotni az új-angliai gyarmatok számára; mindegyikük megtartotta saját kormányzati intézményeit.A Konföderáció hatásköre a következőkre terjedt ki:

• A taggyarmatokat a védelmi költségekért megadóztatni; az egyes gyarmatokon lakó 16 és 60 év közötti férfiak száma alapján arányos illetéket kellett kivetni.
• A taggyarmatoknak részt kellett venniük az igazságszolgáltatás elől menekülők és a szökött rabszolgák visszaszolgáltatásában. Ez utóbbi követelmény megelőlegezte a későbbi idők szökevény rabszolgatörvényeit.

Massachusetts Bay, a legnagyobb gyarmat hamar rájött, hogy túl sok hatalmat adtak át kisebb szomszédjainak. Ennek eredményeként, amikor az Öböl-gyarmat szembesült a Konföderáció egy népszerűtlen döntésével, egyszerűen figyelmen kívül hagyta az utasítást. A connecticuti települések a hollandok árnyékában éltek Új-Hollandiában, és megszerezték az 1650-es évek angol-holland konfliktusában való részvételhez szükséges szavazatokat. A távoli Massachusetts-öböl megtagadta a cselekvésre való felszólítás teljesítését. Nem meglepő, hogy a Konföderáció befolyása ettől kezdve meredeken csökkent, de a Fülöp király háborújának (1675-76) elkeseredett konfliktusa idején rövid ideig újraéledt. 1643. május 19-én kelt eredeti, Új-Anglia Egyesült Gyarmatainak Konföderációs Alapokmánya második szakaszként tartalmazta:

2. Az említett Egyesült Gyarmatok önmaguk és utódaik nevében közösen és külön-külön ezennel szilárd és örök barátsági és baráti szövetséget kötnek támadásra és védelemre, kölcsönös tanácsadásra és segítségre minden méltányos alkalommal mind az evangélium igazságának és szabadságának megőrzésére és terjesztésére, mind pedig saját kölcsönös biztonságuk és jólétük érdekében.

Az örökkévalóság csak 1684-ig tartott, amikor a konföderációt feloszlatták.” Az Új-Angliai Konföderáció egy kis első lépés volt a gyarmatok közötti hivatalos együttműködés felé. 1686-ban a korona létrehozta az Új-Angliai Dominiumot, New York és New Jersey rendkívül népszerűtlen egyesülését az új-angliai gyarmatokkal. Később, a francia és indián háború előestéjén hét gyarmat fontolóra vette Ben Franklin Albany Plan of Unionját, amely egy szövetségi gyarmati kormányra vonatkozó javaslat volt.