Vuoden 1637 Pequot-sodan seurauksena Uuden Englannin siirtokunnat suhtautuivat myönteisesti suunnitelmiin vahvistaa siirtokuntien puolustusta intiaanien hyökkäysten uhkaa vastaan. Hartfordin johtajat esittivät ajatuksen puolustusliiton muodostamisesta alueen samanhenkisten siirtokuntien kesken – ehdotus, joka jätti Mainen anglikaaniset asukkaat ja Rhode Islandin vapaa-ajattelijat jyrkästi ulkopuolelle.Useita vuosia kestäneiden neuvottelujen jälkeen Connecticutin, New Havenin, Massachusetts Bayn ja Plymouthin siirtokunnan edustajat tapasivat Bostonissa vuonna 1643 ja muodostivat Uuden-Englannin yhdistyneet siirtokunnat (The United Colonies of New England of The United Colonies of New England), joka tunnetaan yleisemmin nimellä Uuden-Englannin liittovaltio. Järjestön oli määrä koostua kahdesta edustajasta kustakin neljästä jäsensiirtokunnasta. Kahdeksasta äänestä kuusi tarvittiin minkä tahansa toimenpiteen hyväksymiseen. Säännöllisiä vuosikokouksia oli tarkoitus pitää, mutta hätätilanteissa voitiin kutsua koolle ylimääräisiä konferensseja.Jäsensiirtokuntia motivoi liittymiseen paitsi intiaanien hyökkäysten pelko myös hollantilaisten Uuteen-Netherlandiin ja ranskalaisten Kanadaan aiheuttamat uhat. Konfederaation toivottiin myös etsivän ratkaisuja useisiin hankaliin rajakysymyksiin.Konfederaation ei ollut tarkoitus olla Uuden-Englannin siirtokuntien keskushallinto, vaan kukin siirtokunta säilytti omat hallintoelimensä.Konfederaation toimivaltuuksiin kuuluivat muun muassa seuraavat:

• Maksun periminen jäsensiirtokunnilta puolustuskustannuksista; suhteutettuja maksuja oli määrä periä kussakin siirtokunnassa asuvien 16-60-vuotiaiden miesten määrästä.
• Velvoittaa jäsensiirtokuntia osallistumaan oikeustaistelua pakenevien ja karanneiden orjien palauttamiseen. Jälkimmäinen vaatimus ennakoi myöhempien aikojen karkulaisorjalakeja.

Massachusetts Bay, siirtokunnista suurin, huomasi nopeasti, että sen pienemmille naapureille oli luovutettu liikaa valtaa. Tämän seurauksena, kun Bay Colony joutui kohtaamaan epäsuositun konfederaatiopäätöksen, se yksinkertaisesti jätti ohjeen huomiotta. Connecticutin siirtokunnat elivät hollantilaisten varjossa Uusissa Alankomaissa ja saivat tarvittavat äänet osallistuakseen 1650-luvun englantilais-hollantilaiseen konfliktiin. Kaukana sijaitseva Massachusetts Bay kieltäytyi noudattamasta kehotusta toimintaan. Ei ole yllättävää, että konfederaation vaikutusvalta väheni jyrkästi tästä lähtien, mutta lyhyt elpyminen tapahtui kuningas Filipin sodan (1675-76) katkeran konfliktin aikana. 19. toukokuuta 1643 päivätty alkuperäinen Uuden-Englannin yhdistyneiden siirtokuntien konfederaation perussopimus sisälsi toisena pykälänään:

2. Mainitut yhdistyneet siirtokunnat solmivat täten yhdessä ja erikseen itselleen ja jälkipolvilleen lujan ja ikuisen ystävyys- ja ystävyysliiton hyökkäystä ja puolustusta, keskinäistä neuvontaa ja avustusta varten kaikissa oikeutetuissa tilaisuuksissa sekä evankeliumin totuuden ja vapauksien säilyttämiseksi ja levittämiseksi että oman keskinäisen turvallisuutensa ja hyvinvointinsa vuoksi.

Perpetuiteetti kesti vain vuoteen 1684, jolloin liitto lakkautettiin.Uuden Englannin liitto oli pieni ensiaskel kohti siirtomaiden virallista yhteistyötä. Vuonna 1686 kruunu loisi Uuden-Englannin hallintoalueen (Dominion of New England), joka oli erittäin epäsuosittu New Yorkin ja New Jerseyn yhdistäminen Uuden-Englannin siirtokuntien kanssa. Myöhemmin, Ranskan ja intiaanien sodan kynnyksellä, seitsemän siirtokuntaa harkitsisi Ben Franklinin Albanyn unionisuunnitelmaa, joka oli ehdotus liittovaltiohallitukseksi.Katso Intiaanisotien aikataulukko.