Når Jackson blev præsident, underkastede han sig ikke Kongressen i politikudformningen og var den første præsident, der overtog kommandoen med sin vetoret. Mens tidligere præsidenter kun afviste lovforslag, som de mente var forfatningsstridige, skabte Jackson en ny præcedens ved at svinge vetopennen som en politisk sag.
Stillelig oprørt over resultatet af valget i 1824 mente han, at han skulle give magten til at vælge præsidenten og vicepræsidenten til det amerikanske folk ved at afskaffe valgkollegiet, hvilket gav ham tilnavnet “folkets præsident”. I sin kampagne mod korruption blev Jackson den første præsident, der i vid udstrækning erstattede siddende embedsmænd med sine tilhængere, hvilket blev kendt som “spoilsystemet”.”
Second Bank of the United States
I sin måske største bedrift som præsident blev Jackson involveret i en kamp med Second Bank of the United States, et teoretisk set privat selskab, der i virkeligheden fungerede som et statsstøttet monopol. Jackson så banken som en korrupt, elitær institution, der manipulerede med papirpenge og udøvede for megen magt over økonomien. Hans modstander til genvalg i 1832, Henry Clay, mente, at banken fremmede en stærk økonomi. Clay og hans tilhængere forsøgte at gøre banken til et centralt kampagnespørgsmål og fik et lovforslag igennem kongressen om at give institutionen et nyt charter. I juli 1832 nedlagde Jackson veto mod gencharteringen, fordi den støttede “fremme af de få på bekostning af de mange”.
Den amerikanske offentlighed støttede præsidentens synspunkter i spørgsmålet, og Jackson vandt sin genvalgskampagne i 1832 mod Clay med 56 procent af de folkelige stemmer og næsten fem gange så mange valgmandsstemmer. I løbet af Jacksons anden embedsperiode mislykkedes forsøgene på at genstarte banken, og institutionen blev lukket i 1836.
Jacksons vicepræsident: John C. Calhoun
En anden politisk modstander, som Jackson stod over for i 1832, var en usandsynlig modstander – hans egen vicepræsident. Efter vedtagelsen af føderale toldsatser i 1828 og 1832, som de mente begunstigede nordlige fabrikanter på deres bekostning, vedtog modstandere i South Carolina en resolution, der erklærede foranstaltningerne for ugyldige i staten og truede endda med løsrivelse. Vicepræsident Calhoun støttede princippet om annullation sammen med tanken om, at stater kunne løsrive sig fra Unionen.
Selv om han mente, at tolden var for høj, truede Jackson med at bruge magt til at håndhæve føderale love i South Carolina. Calhoun, der allerede var blevet erstattet af Martin Van Buren fra New York, Jacksons tidligere udenrigsminister, på 1832-valget, protesterede og blev den første vicepræsident i USA’s historie, der trådte tilbage fra sit embede den 28. december 1832. I løbet af få uger blev der vedtaget et kompromis, der omfattede en beskeden nedsættelse af tolden sammen med en bestemmelse, der gav præsidenten beføjelse til at bruge de væbnede styrker, hvis det var nødvendigt for at håndhæve føderale love. En krise blev afværget, men kampen om staternes rettigheder var en forsmag på borgerkrigen tre årtier senere.
I løbet af Jacksons anden embedsperiode var han mål for det første attentatforsøg på en præsident i amerikansk historie. Da han forlod en mindehøjtidelighed for et kongresmedlem inde i det amerikanske Capitol den 30. januar 1835, dukkede den forstyrrede husmaler Richard Lawrence frem fra mængden og rettede en enkeltskudspistol af guld mod præsidenten. Da pistolen ikke affyrede sig, trak Lawrence en anden pistol frem, som også affyrede sig forkert. Den rasende Jackson gik til angreb på skytten og hamrede ham med sin stok, mens tilskuere fik mordforsøget nedkæmpet. Den engelskfødte Lawrence, der troede, at han var arving til den britiske trone og skyldte den amerikanske regering en enorm mængde penge, blev fundet ikke skyldig på grund af sindssygdom og blev indespærret på institutioner resten af sit liv.
Kontroversielle beslutninger
Trail of Tears
Trods sin popularitet og succes var Jacksons præsidentembede ikke uden kontroverser. Et særligt foruroligende aspekt af det var hans omgang med de indfødte amerikanere. Han underskrev og gennemførte Indian Removal Act of 1830, som gav ham beføjelse til at indgå traktater med stammerne, der resulterede i, at de blev flyttet til områder vest for Mississippi-floden til gengæld for deres forfædres hjemland.
Jackson så også til, da Georgia brød en føderal traktat og beslaglagde ni millioner acres inden for staten, som var blevet garanteret Cherokee-stammen. Selv om den amerikanske højesteret i to sager fastslog, at Georgia ikke havde nogen myndighed over stammelandene, nægtede Jackson at håndhæve afgørelserne. Som følge heraf forhandlede præsidenten en aftale, hvor cherokeerne ville rømme deres land til gengæld for et område vest for Arkansas. Aftalen resulterede efter Jacksons præsidentskab i Trail of Tears, den tvungne flytning vestpå af anslået 15.000 cherokee-indianere, som kostede omkring 4.000 mennesker livet, der døde af sult, udsættelse og sygdom.
Dred Scott-afgørelsen
Jackson nominerede også sin tilhænger Roger Taney til den amerikanske højesteret. Senatet afviste den oprindelige nominering i 1835, men da overdommer John Marshall døde, nominerede Jackson Taney på ny, og han blev efterfølgende godkendt året efter. Dommer Taney blev siden bedst kendt for den berygtede Dred Scott-afgørelse, som erklærede, at afroamerikanere ikke var borgere i USA og som sådan ikke havde retlig status til at anlægge sag. Han erklærede også, at den føderale regering ikke kunne forbyde slaveri i de amerikanske territorier. I sin karriere som højesteretsdommer skulle Taney efterfølgende sværge Abraham Lincoln ind som præsident.
Mens Jacksons tilhængere dannede det demokratiske parti, samledes hans modstandere også i et nyt politisk parti, der var forenet i deres antipati over for præsidenten og hans politik. Whig-partiet, der antog det samme navn som antimonarkisterne i England, blev dannet i løbet af Jacksons anden periode for at protestere mod det, som partiet anså for at være “kong Andrew I’s” autokratiske politik.
Det lykkedes ikke Whig-partiet at vinde præsidentvalget i 1836, som blev erobret af Martin Van Buren. Jackson efterlod imidlertid sin efterfølger med en økonomi, der var klar til at krakelere. “Old Hickory” mente, at papirpenge ikke gavnede den almindelige mand, og at de gav spekulanter mulighed for at købe store landområder og drive priserne kunstigt op. Efter selv at have lidt et økonomisk tab på devaluerede pengesedler udstedte Jackson i juli 1836 Specie Circular, som krævede betaling i guld eller sølv for offentlige arealer. Bankerne kunne imidlertid ikke imødekomme efterspørgslen. De begyndte at gå fallit, og den efterfølgende panik i 1837 ødelagde økonomien i løbet af Van Burens enperiodespræsidentperiode.