Ca urmare a Războiului Pequot din 1637, așezările din Noua Anglie au fost receptive la planurile de întărire a apărării coloniale împotriva amenințării atacurilor indienilor. Liderii din Hartford au avansat ideea de a forma o alianță defensivă între așezările din zonă care împărtășeau aceleași idei – o propunere care îi excludea în mod clar pe rezidenții anglicani din Maine și pe liber-cugetătorii din Rhode Island.După mai mulți ani de negocieri, delegații din Connecticut, New Haven, Massachusetts Bay și Colonia Plymouth s-au întâlnit la Boston în 1643 și au format Coloniile Unite din Noua Anglie, mai cunoscută sub numele de Confederația din Noua Anglie. Organizația urma să fie compusă din câte doi delegați din fiecare dintre cele patru colonii membre. Șase din cele opt voturi erau necesare pentru a adopta orice măsură. Urmau să aibă loc întâlniri anuale regulate, dar puteau fi convocate conferințe suplimentare în cazuri de urgență.Coloniile membre au fost motivate să se alăture nu doar de teama atacurilor indienilor, ci și din cauza amenințărilor reprezentate de olandezi în Noua Țară de Jos și de francezi în Canada. Se spera, de asemenea, că Confederația va căuta soluții la o serie de probleme de frontieră dificile.Confederația nu a fost concepută ca un guvern central pentru coloniile din Noua Anglie; fiecare dintre ele și-a păstrat propriile instituții de conducere.Competențele Confederației includeau următoarele:

• Să evalueze coloniile membre pentru costurile de apărare; taxele proporționale urmau să fie percepute în funcție de numărul de bărbați, cu vârste cuprinse între 16 și 60 de ani, care locuiau în fiecare colonie.
• Să solicite coloniilor membre să participe la returnarea fugarilor din justiție și a sclavilor fugari. Această din urmă cerință a anticipat legile privind sclavii fugari de mai târziu.

Massachusetts Bay, cea mai mare dintre colonii, a descoperit rapid că prea multă autoritate a fost cedată vecinilor săi mai mici. Ca urmare, atunci când colonia Bay s-a confruntat cu o decizie nepopulară a Confederației, a ignorat pur și simplu instrucțiunea. Coloniile din Connecticut au trăit în umbra olandezilor din New Netherland și au obținut voturile necesare pentru a participa la conflictul anglo-olandez din anii 1650. Distanta Massachusetts Bay a refuzat să onoreze chemarea la acțiune. Nu este surprinzător faptul că influența Confederației a scăzut brusc din acest moment, dar o scurtă revigorare a avut loc în timpul conflictului acerb al Războiului Regelui Filip (1675-76). 1. Articolele originale ale Confederației Coloniilor Unite din Noua Anglie, datate 19 mai 1643, includeau ca a doua secțiune:

2. Coloniile Unite menționate, pentru ele însele și pentru posteritățile lor, încheie prin prezenta, împreună și separat, o alianță fermă și perpetuă de prietenie și prietenie pentru ofensă și apărare, sfat și ajutor reciproc în toate ocaziile juste, atât pentru păstrarea și propagarea adevărului și libertăților Evangheliei, cât și pentru propria lor siguranță și bunăstare reciprocă.

Perpetuitatea a durat doar până în 1684, când confederația a fost desființată. Confederația Noii Anglii a fost un mic prim pas spre o cooperare formală între colonii. În 1686, Coroana avea să creeze Dominionul Noii Anglii, o fuziune extrem de nepopulară a New York și New Jersey cu coloniile din Noua Anglie. Mai târziu, în ajunul Războiului francez și indian, șapte colonii vor lua în considerare Planul de uniune de la Albany al lui Ben Franklin, o propunere pentru un guvern colonial federat.Vezi Tabelul cronologic al războaielor indiene.