Autoimmun betegségek akkor keletkeznek, amikor az autoimmunitás vagy az öntolerancia elvesztése szövetkárosodást eredményez. Az autoimmunitás kialakulására számos mechanizmust javasoltak, köztük immunológiai, vírusos, hormonális és genetikai tényezőket. Az immunológiai hálózat minden ismert része részt vesz az immunpatológiai tünetek kiváltásában. Ezért többé-kevésbé specifikus immunszuppresszánsokat széles körben alkalmaznak az autoimmun betegségek kezelésében, amelyek a szervspecifikus, pl. Hashimoto thyreoiditis, és a nem szervspecifikus vagy szisztémás betegségek, pl. szisztémás lupus erythematosus között mozognak. A nem specifikusan ható citosztatikumok nemcsak elnyomják az autoimmun reakciókat, hanem az idegen antigénekkel szembeni immunválasz károsodása miatt súlyos mellékhatásokat is okoznak, ami például a fertőzések fokozott kockázatához vezet. Ezenkívül a citosztatikumok genotoxikus aktivitása rosszindulatú daganatokat idézhet elő. A kortikoszteroidok klinikailag jól ismert és nagyon aktív szerek az akut tünetek kezelésére, de különböző mellékhatások korlátozzák alkalmazásukat a krónikus betegségek kezelésében. A ciklosporin A fontos előrelépést jelentett a szervátültetés kilökődésének specifikusabb megelőzésében és egyes autoimmun betegségek terápiájában. Az immunszuppresszió modern megközelítései közé tartoznak a monoklonális antitestek, amelyek az immunkompetens sejtek számos különböző determinánsa ellen irányulnak. A korai klinikai, illetve preklinikai fejlesztés alatt álló Ciamexone és Leflunomide érdekes új gyógyszerek lehetnek. A jövőbeni immunfarmakológiai gyógyszerkutatásnak és -fejlesztésnek specifikusabb, alacsony molekulasúlyú, szájon át ható és kémiailag meghatározott immunszuppresszív vegyületekhez kell vezetnie, amelyek az autoimmun betegségek hosszú távú kezelése során jól tolerálhatók.