Bolile autoimune apar atunci când autoimunitatea sau pierderea toleranței proprii duce la deteriorarea țesuturilor. Au fost propuse multe mecanisme pentru originea autoimunității, inclusiv factori imunologici, virali, hormonali și genetici. Toate părțile cunoscute ale rețelei imunologice sunt implicate în provocarea simptomelor imunopatologice. Prin urmare, imunosupresoarele mai mult sau mai puțin specifice sunt utilizate pe scară largă în tratamentul tulburărilor autoimune, care variază de la cele specifice de organ, de exemplu tiroidita Hashimoto, până la boli nespecifice de organ sau sistemice, de exemplu lupusul eritematos sistemic. Citostaticele cu acțiune nespecifică nu numai că suprimă reacțiile autoimune, dar creează și efecte secundare grave din cauza afectării răspunsurilor imune împotriva antigenelor străine, ceea ce duce, de exemplu, la un risc crescut de infecții. În plus, activitatea genotoxică a citostaticelor ar putea induce tumori maligne. Corticosteroizii sunt agenți bine cunoscuți din punct de vedere clinic și foarte activi pentru gestionarea simptomelor acute, dar diferite efecte secundare limitează utilizarea lor în tratamentul bolilor cronice. Ciclosporina A a reprezentat un important pas înainte pentru o prevenire mai specifică a respingerii transplanturilor de organe și pentru terapia unor afecțiuni autoimune. Abordările moderne ale imunosupresiei includ anticorpi monoclonali îndreptați împotriva unei varietăți de determinanți diferiți de pe celulele imunocompetente. Ciamexona și Leflunomida, care se află la începutul dezvoltării clinice și, respectiv, preclinice, ar putea fi noi medicamente interesante. Viitoarele cercetări și dezvoltări de medicamente imunofarmacologice ar trebui să conducă la compuși imunosupresori mai specifici, cu greutate moleculară mică, activi pe cale orală și definiți din punct de vedere chimic, cu o bună tolerabilitate în cadrul tratamentului pe termen lung al bolilor autoimune.