Autoimmuunisairaudet syntyvät, kun autoimmuniteetti tai itsesietokyvyn menetys johtaa kudosvaurioihin. Autoimmuniteetin synnylle on ehdotettu monia mekanismeja, kuten immunologisia, virus-, hormonaalisia ja geneettisiä tekijöitä. Kaikki tunnetut immunologisen verkoston osat osallistuvat immunopatologisten oireiden aiheuttamiseen. Tämän vuoksi enemmän tai vähemmän spesifisiä immunosuppressantteja käytetään laajalti sellaisten autoimmuunisairauksien hoidossa, jotka vaihtelevat elinspesifisistä, kuten Hashimoton kilpirauhastulehdus, elinspesifisistä tai systeemisistä sairauksista, kuten systeeminen lupus erythematosus. Epäspesifisesti vaikuttavat sytostaatit eivät ainoastaan tukahduta autoimmuunireaktioita, vaan ne aiheuttavat myös vakavia sivuvaikutuksia, jotka johtuvat immuunivasteen heikkenemisestä vieraita antigeenejä vastaan ja johtavat esimerkiksi lisääntyneeseen infektioriskiin. Lisäksi sytostaattien genotoksinen vaikutus saattaa aiheuttaa pahanlaatuisia kasvaimia. Kortikosteroidit ovat kliinisesti hyvin tunnettuja ja erittäin tehokkaita aineita akuuttien oireiden hoidossa, mutta erilaiset sivuvaikutukset rajoittavat niiden käyttöä kroonisten sairauksien hoidossa. Siklosporiini A on ollut tärkeä edistysaskel elinsiirtojen hylkimisen tarkemmassa ehkäisyssä ja joidenkin autoimmuunisairauksien hoidossa. Nykyaikaisiin immunosuppression lähestymistapoihin kuuluvat monoklonaaliset vasta-aineet, jotka on suunnattu immunokompetenttien solujen useita eri determinantteja vastaan. Ciamexone ja Leflunomide, jotka ovat varhaisessa kliinisessä ja prekliinisessä kehitysvaiheessa, saattavat olla mielenkiintoisia uusia lääkkeitä. Tulevan immunofarmakologisen lääketutkimuksen ja -kehityksen pitäisi johtaa spesifisempiin, pienimolekyylipainoisiin, suun kautta vaikuttaviin ja kemiallisesti määriteltyihin immunosuppressiivisiin yhdisteisiin, joilla on hyvä siedettävyys autoimmuunisairauksien pitkäaikaishoidossa.