Etiopatogenese af den polycystiske ovariesygdom er ikke afklaret. Derfor udgør optimal behandling af hyperandrogene syndromer, menstruations- og fertilitetsforstyrrelser et vanskeligt problem. Sekventiel behandling med østrogener og progestagener er af værdi hos unge kvinder, som ikke planlægger at blive gravide, for at reducere hirsutisme og regulere menstruationerne. Der opnås en reduktion af hirsutisme, akne og seborrhea inden for 3 måneder. Ophør af behandlingen giver dog symptomer på overdreven androgenproduktion. En anden metode er behandling med antiandrogener, især cyproteronacetat. Dette lægemiddel hæmmer androgenbiosyntesen og har også perifer aktivitet. Spironolacton er et andet antiandrogen, der ofte anvendes, men det er kendt som et primært diuretisk middel. Det virker primært på androgenreceptorstederne. Andre antiandrogener såsom ketoconazol og flutamid anvendes sjældnere. Det er blevet vist, at cimetidin – en kendt H2-receptorhæmmer – også mindsker symptomerne på hyperandrogenisme. Cimetidin er dog ikke blevet anvendt til behandling af polycystisk ovariesygdom. I tilfælde af enzymatiske defekter i adrenokortikal steroid-syntese anvendes glukokortikoider, hovedsagelig lave doser triamcinolon og dexamethason. Andre behandlinger foretrækkes i tilfælde af polycystisk ovariesygdom hos kvinder, som ønsker at blive gravide. Clomifencitrat og gonadotropiner, hovedsagelig FSH, anvendes til at fremkalde ægløsning. Hvis farmakoterapi ikke giver ægløsning, skal der foretages en kile resektion af æggestokkene.