Etiopatogeneza zespołu policystycznych jajników nie jest wyjaśniona. Dlatego optymalna terapia zespołów hiperandrogennych, zaburzeń miesiączkowania i płodności stanowi trudny problem. Sekwencyjna terapia estrogenami i progestagenami ma wartość u młodych kobiet, które nie planują poczęcia, w celu zmniejszenia hirsutyzmu i uregulowania miesiączkowania. Zmniejszenie hirsutyzmu, trądziku i łojotoku następuje w ciągu 3 miesięcy. Jednak po zaprzestaniu leczenia pojawiają się objawy nadmiernej produkcji androgenów. Inną metodą jest terapia antyandrogenami, zwłaszcza octanem cyproteronu. Lek ten hamuje biosyntezę androgenów i ma również działanie obwodowe. Innym często stosowanym antyandrogenem jest spironolakton, ale znany jest on przede wszystkim jako lek moczopędny. Działa on przede wszystkim na miejsca receptorów androgenowych. Inne antyandrogeny, takie jak ketokonazol i flutamid są stosowane rzadziej. Wykazano, że cymetydyna – znany inhibitor receptora H2 – również zmniejsza objawy hiperandrogenizmu. Cymetydyna nie była jednak stosowana w leczeniu policystycznych jajników. W przypadku defektów enzymatycznych w syntezie steroidów w korze nadnerczy stosuje się glikokortykoidy, głównie małe dawki triamcynolonu i deksametazonu. Inne metody leczenia preferowane są w przypadku choroby wielotorbielowatych jajników u kobiet, które chcą zajść w ciążę. Cytrynian klomifenu i gonadotropiny, głównie FSH, są stosowane w celu wywołania owulacji. Jeśli farmakoterapia nie powoduje owulacji, należy wykonać resekcję klinową jajników.