A policisztás ovárium betegség etiopatogenezise nem tisztázott. Ezért a hyperandrogén szindrómák, menstruációs és fertilitási zavarok optimális terápiája nehéz problémát jelent. Az ösztrogénekkel és progesztagénekkel végzett szekvenciális terápia fiatal nőknél, akik nem tervezik a fogamzást a hirsutizmus csökkentése és a menstruáció szabályozása érdekében értékes. A hirsutizmus, a pattanások és a seborrhea csökkenése 3 hónapon belül jelentkezik. A kezelés abbahagyása azonban a túlzott androgéntermelés tüneteit produkálja. Egy másik módszer az antiandrogénekkel, különösen a ciproteron-acetáttal végzett terápia. Ez a gyógyszer gátolja az androgének bioszintézisét és perifériás aktivitással is rendelkezik. A spironolakton egy másik gyakran alkalmazott antiandrogén, de elsősorban vizelethajtó szerként ismert. Elsősorban az androgénreceptor-helyeken fejti ki hatását. Más antiandrogéneket, például a ketokonazolt és a flutamidot ritkábban alkalmazzák. Kimutatták, hogy a cimetidin – az ismert H2-receptor-gátló – szintén csökkenti a hiperandrogenizmus tüneteit. A cimetidint azonban nem alkalmazták policisztás petefészekbetegség kezelésére. A mellékvesekéreg szteroidszintézisének enzimatikus hibái esetén glükokortikoidokat, főként alacsony dózisú triamcinolont és dexametazonokat alkalmaznak. Más terápiák előnyben részesülnek policisztás petefészekbetegség esetén olyan nőknél, akik teherbe akarnak esni. Klomifen-citrátot és gonadotropinokat, főként FSH-t használnak az ovuláció kiváltására. Ha a farmakoterápia nem eredményez ovulációt, a petefészkek ékeltávolítását kell elvégezni.