A etiopatogenia da doença dos ovários policísticos não está esclarecida. Portanto, a terapia ótima das síndromes hiperandrogênicas, distúrbios menstruais e de fertilidade representam um problema difícil. A terapia seqüencial com estrogênios e progestagênios é de valor em mulheres jovens, que não planejam conceber a fim de reduzir o hirsutismo e regular a menstruação. A redução do hirsutismo, acne e seborreia é produzida no prazo de 3 meses. No entanto, a interrupção do tratamento produz os sintomas de produção excessiva de andrógenos. Outro método é a terapia com antiandrógenos, especialmente o acetato de ciproterona. Este medicamento inibe a biossíntese dos andrógenos e tem também actividade periférica. A espironolactona é outro antiandrogénio frequentemente utilizado, mas é conhecido como um agente diurético primário. Actua principalmente nos locais receptores de andrógenos. Outros antiandrógenos como o cetoconazol e a flutamida são usados com menos frequência. Foi demonstrado que a cimetidina – conhecido inibidor do receptor H2 – também diminui os sintomas do hiperandrogenismo. No entanto, a cimetidina não tem sido usada para o tratamento da doença policística dos ovários. Em casos de defeitos enzimáticos em esteróides adrenocorticais são utilizados glicocorticóides, principalmente baixas doses de triamcinolona e dexametasona. Outras terapias são preferidas em caso de doença ovariana policística em mulheres, que queiram conceber. O citrato de clomifeno e as gonadotropinas, principalmente FSH, são utilizados para induzir a ovulação. Se a farmacoterapia não produzir ovulação, deve ser feita a ressecção em cunha dos ovários.