Die Ätiopathogenese der polyzystischen Eierstockerkrankung ist nicht geklärt. Daher stellt die optimale Therapie von hyperandrogenen Syndromen, Menstruations- und Fertilitätsstörungen ein schwieriges Problem dar. Eine sequentielle Therapie mit Östrogenen und Gestagenen ist bei jungen Frauen ohne Kinderwunsch sinnvoll, um Hirsutismus zu reduzieren und die Menstruation zu regulieren. Eine Verringerung von Hirsutismus, Akne und Seborrhoe tritt innerhalb von 3 Monaten ein. Nach Beendigung der Behandlung treten jedoch die Symptome einer übermäßigen Androgenproduktion auf. Eine andere Methode ist die Therapie mit Antiandrogenen, insbesondere Cyproteronacetat. Dieses Medikament hemmt die Biosynthese von Androgenen und hat auch eine periphere Wirkung. Spironolacton ist ein weiteres häufig eingesetztes Antiandrogen, das jedoch in erster Linie als Diuretikum bekannt ist. Es wirkt in erster Linie an den Androgenrezeptorstellen. Andere Antiandrogene wie Ketoconazol und Flutamid werden weniger häufig eingesetzt. Es hat sich gezeigt, dass Cimetidin – ein bekannter H2-Rezeptor-Hemmer – ebenfalls die Symptome des Hyperandrogenismus lindert. Allerdings wurde Cimetidin nicht zur Behandlung der polyzystischen Ovarialerkrankung eingesetzt. Bei enzymatischen Defekten in der adrenokortikalen Steroidsynthese werden Glukokortikoide eingesetzt, vor allem niedrige Dosen von Triamcinolon und Dexamethason. Andere Therapien werden bei Frauen, die schwanger werden wollen, im Falle einer polyzystischen Eierstockerkrankung bevorzugt. Clomiphencitrat und Gonadotropine, vor allem FSH, werden zur Auslösung des Eisprungs eingesetzt. Führt die Pharmakotherapie nicht zum Eisprung, muss eine Keilresektion der Eierstöcke durchgeführt werden.