Etiopatogeneze onemocnění polycystických vaječníků není objasněna. Optimální terapie hyperandrogenních syndromů, poruch menstruace a plodnosti proto představuje obtížný problém. Sekvenční léčba estrogeny a progestageny má význam u mladých žen, které neplánují otěhotnět, s cílem snížit hirsutismus a regulovat menses. Do 3 měsíců dochází ke snížení hirsutismu, akné a seborey. Ukončení léčby však vyvolává příznaky nadměrné produkce androgenů. Další metodou je léčba antiandrogeny, zejména cyproteron acetátem. Tento lék inhibuje biosyntézu androgenů a má také periferní aktivitu. Dalším často používaným antiandrogenem je spironolakton, který je však znám především jako diuretikum. Působí především v místech androgenních receptorů. Další antiandrogeny, jako je ketokonazol a flutamid, se používají méně často. Bylo prokázáno, že cimetidin – známý inhibitor H2 receptorů – rovněž snižuje příznaky hyperandrogenismu. Cimetidin se však k léčbě polycystických ovarií nepoužívá. V případech enzymatických defektů v adrenokortikální steroidosyntéze se používají glukokortikoidy, především nízké dávky triamcinolonu a dexametazonu. V případě polycystického onemocnění vaječníků u žen, které chtějí otěhotnět, se dává přednost jiné terapii. K vyvolání ovulace se používá klomifen citrát a gonadotropiny, především FSH. Pokud farmakoterapie nevyvolá ovulaci, musí být provedena klínovitá resekce vaječníků.