Polykystisten munasarjojen taudin etiopatogeneesi ei ole selvitetty. Siksi hyperandrogeenisten oireyhtymien, kuukautis- ja hedelmällisyyshäiriöiden optimaalinen hoito on vaikea ongelma. Estrogeenien ja progestageenien peräkkäisellä hoidolla on arvoa nuorilla naisilla, jotka eivät suunnittele raskautta hirsutismin vähentämiseksi ja kuukautisten säätelemiseksi. Hirsutismi, akne ja seborrea vähenevät 3 kuukauden kuluessa. Hoidon lopettaminen tuottaa kuitenkin liiallisen androgeenituotannon oireita. Toinen menetelmä on hoito antiandrogeeneilla, erityisesti syproteroniasetaatilla. Tämä lääke estää androgeenien biosynteesiä ja sillä on myös perifeeristä vaikutusta. Spironolaktoni on toinen usein käytetty antiandrogeeni, mutta se tunnetaan ensisijaisesti diureettisena aineena. Se vaikuttaa ensisijaisesti androgeenireseptoripaikoissa. Muita antiandrogeeneja, kuten ketokonatsolia ja flutamidia, käytetään harvemmin. On osoitettu, että simetidiini – tunnettu H2-reseptorin estäjä – vähentää myös hyperandrogenismin oireita. Simetidiiniä ei kuitenkaan ole käytetty polykystisen munasarjasairauden hoitoon. Jos lisämunuaiskuoren steroidisynteesissä on entsymaattisia vikoja, käytetään glukokortikoideja, pääasiassa pieniä annoksia triamkinolonia ja deksametasonia. Muita hoitomuotoja suositaan, kun kyseessä on munasarjojen monirakkulatauti naisilla, jotka haluavat tulla raskaaksi. Klomifeenisitraattia ja gonadotropiineja, pääasiassa FSH:ta, käytetään ovulaation aikaansaamiseksi. Jos lääkehoito ei tuota ovulaatiota, on tehtävä munasarjojen kiilaresektio.