De etiopathogenese van de polycysteuze ovariumziekte is niet opgehelderd. Daarom vormt de optimale therapie van hyperandrogene syndromen, menstruatie- en vruchtbaarheidsstoornissen een moeilijk probleem. Sequentiële therapie met oestrogenen en progestagenen is van waarde bij jonge vrouwen, die niet van plan zijn zwanger te worden, om hirsutisme te verminderen en de menstruatie te reguleren. Een vermindering van hirsutisme, acne en seborrhea wordt binnen 3 maanden bereikt. Stopzetting van de behandeling leidt echter tot de symptomen van overmatige androgeenproductie. Een andere methode is therapie met anti-androgenen, met name cyproteronacetaat. Dit geneesmiddel remt de biosynthese van androgenen en heeft ook perifere activiteit. Spironolacton is een ander anti-androgeen dat vaak wordt gebruikt, maar het staat bekend als een in de eerste plaats diuretisch middel. Het werkt voornamelijk op de plaatsen van de androgeenreceptor. Andere anti-androgenen zoals ketoconazol en flutamide worden minder vaak gebruikt. Het is aangetoond dat cimetidine – een bekende H2-receptorremmer – ook de symptomen van hyperandrogenisme vermindert. Cimetidine is echter niet gebruikt voor de behandeling van polycysteuze ovariumziekte. In gevallen van enzymatische defecten in de adrenocorticale steroïd-synthese worden glucocorticoïden gebruikt, voornamelijk lage doses triamcinolon en dexamethason. Andere therapieën verdienen de voorkeur in geval van polycysteuze ovariumziekte bij vrouwen die zwanger willen worden. Clomifeencitraat en gonadotrofinen, voornamelijk FSH, worden gebruikt om de ovulatie op te wekken. Indien farmacotherapie geen ovulatie teweegbrengt, moet een wigresectie van de eierstokken worden uitgevoerd.