Etiopatogenia bolii ovarelor polichistice nu este clarificată. De aceea, terapia optimă a sindroamelor hiperandrogenice, a tulburărilor menstruale și de fertilitate reprezintă o problemă dificilă. Terapia secvențială cu estrogeni și progestageni este valoroasă la femeile tinere, care nu intenționează să conceapă, pentru a reduce hirsutismul și a regla menstruația. O reducere a hirsutismului, acneei și seboreei se produce în decurs de 3 luni. Cu toate acestea, încetarea tratamentului produce simptomele unei producții excesive de androgeni. O altă metodă este terapia cu antiandrogeni, în special cu acetat de ciproteron. Acest medicament inhibă biosinteza androgenilor și are și activitate periferică. Spironolactona este un alt antiandrogen frecvent utilizat, dar este cunoscut ca un agent în primul rând diuretic. Acesta acționează în primul rând la nivelul situsurilor receptorilor androgenici. Alți antiandrogeni, cum ar fi ketoconazolul și flutamida, sunt utilizați mai rar. S-a demonstrat, că cimetidina – cunoscut inhibitor al receptorilor H2 – diminuează, de asemenea, simptomele hiperandrogenismului. Cu toate acestea, cimetidina nu a fost utilizată pentru tratamentul bolii ovarelor polichistice. În cazurile de defecte enzimatice în sinteza steroizilor adrenocorticali se folosesc glucocorticoizi, în principal doze mici de triamcinolon și dexametazonă. Alte terapii sunt preferate în cazul bolii ovarelor polichistice la femeile, care doresc să conceapă. Citratul de clomifen și gonadotropinele, în principal FSH, sunt utilizate pentru a induce ovulația. În cazul în care farmacoterapia nu produce ovulație, trebuie efectuată rezecția în cuie a ovarelor.